Από την έναρξη της λειτουργίας του το Νοσοκομείο, διοικούνταν από επταμελές συμβούλιο. Σύμφωνα με τη μεταρρύθμιση, η οποία ίσχυσε, με τον Ν. 3328/05 στον τομέα της δημόσιας υγείας, το Μποδοσάκειο Νοσοκομείο Πτολεμαΐδας ανήκει πλέον στην ΥΠΕ Δυτικής Μακεδονίας και αποτελεί αποκεντρωμένη και ανεξάρτητη 
Υπηρεσιακή Μονάδα αυτής με Διοικητική και Οικονομική αυτοτέλεια. Έχει δικό του Πρωτόκολλο, αρχείο και σφραγίδα, ενώ υπόκειται στην εποπτεία του Υπουργείου Υγείας. Όπως όλα τα αντίστοιχα στη χώρα μας, το νοσοκομείο συνιστά τεχνική-ξενοδοχειακή υπηρεσία με ξεχωριστό τμήμα οργάνωσης και πληροφορικής, που υπάγεται απευθείας στο Διοικητή του Νοσοκομείου. Επίσης λειτουργεί το Ειδικό Γραφείο Υποδοχής Ασθενών και υποχρεωτικά το Τμήμα Επειγόντων Περιστατικών (T.E.Π.), με ειδική στελέχωση και εξοπλισμό, του οποίου η χρηματοδότηση εντάχθηκε στο 3ο Π.E.Π. Δυτικής Μακεδονίας. Στο ίδιο πλαίσιο, συστάθηκαν και οι Μονάδες Εντατικής Θεραπείας και Τεχνητού Νεφρού. Στο Μποδοσάκειο Νοσοκομείο τέλος, έχει εισαχθεί, από την 1.1.2002, η ολοήμερη λειτουργία των απογευματινών τακτικών εξωτερικών ιατρείων, όπου διενεργούνται διαγνωστικές και θεραπευτικές πράξεις.
